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Als Vertreter einer Zeit des Wandels, der Morgenröte des klassischen Hellas, hebt Xenophanes ganz im Sinne Hegels das Erbe der vorklassischen Welt auf; er ist der Erste, der dies auf eine greifbar systematische Art tut, der "Sturmvogel der griechischen Aufklärung", der Ideen der Religionskritik und des Rationalismus der Aufklärung vorwegnimmt. Nicht zufällig ist Xenophanes auch, wie Werner Jaeger sagt, "der erste griechische Denker, der als Persönlichkeit fassbar ist."
Xenophanes' Lehre war schon Platon und Aristoteles recht unklar. Bereits Heraklit hatte über ihn gesagt, dass das Kennenlernen vieler Dinge ihn nicht Verstehen gelehrt habe, und Aristoteles hielt ihn für etwas schlicht (Metaphysik 986b 26). Aus der Antike haben wir sonst kaum Testimonia; auch zu seiner Philosophie gibt es nur wenige einzelne Bemerkungen. In der modernen Debatte änderte sich das radikal, wenn diese auch komplex und kontrovers geführt wurde und teilweise auch noch wird. Die Faszination des Fragmentarischen steigert natürlich die Möglichkeit zu 'kreativer Interpretation' mit all ihren Gefahren.
Xenophanes schrieb analytisch und satirisch unter anderem über die Vielzahl und Menschenähnlichkeit der griechischen Götter. Nach ihm schufen nicht die Götter die Menschen, sondern die Menschen die Götter (Wenn die Pferde Götter hätten, sähen sie wie Pferde aus), durchaus ein religionssoziologischer Ansatz. In seinem philosophischen Hauptwerk (Über die Natur) vertritt er einen Monotheismus, dessen Gott ewig, einheitlich, unbeweglich und von vollkommener Gestalt sei, wobei das Pantheon der (nunmehr lokalen) Gottheiten aber durchaus erhalten bleibt.
Zudem wird Xenophanes als Vorläufer des von Karl Popper so bezeichneten "kritischen Rationalismus" angesehen (siehe Erkenntnistheorie). Das menschliche Wissen besteht laut ihm aus Vermutung, die Wahrheit sei nicht als solche erkennbar. Gleichzeitig sei es möglich, sich der Wahrheit mit der Zeit anzunähern: "Nicht von Anfang an haben die Götter den Sterblichen alles Verborgene gezeigt, sondern allmählich finden sie suchend das Bessere". Diese Auffassung führt bei Parmenides von Elea zur strikten Unterscheidung zwischen der wahren, durch die Sinne nicht wahrnehmbaren Welt und der Welt der Erscheinungen (Weg der Meinung). Xenophanes Rationalismus führte ihn zu einer quasi agnostischen Position in Bezug auf die Götter. Zwar stellte er deren Existenz nicht in Frage, meinte aber, dass der Mensch niemals etwas Gesichertes über die Götter wissen könne.
Bis in die 1950er Jahre hinein wurde – auf Grund falscher doxographischer Überlieferung schon seit der Antike, unter anderem des Aristoteles – häufig angenommen, Xenophanes sei ein Eleatischer Philosoph gewesen, da er auch in Elea (römisch: Velia) an der Küste Lukaniens (Unteritalien) gewirkt hat. Mit den Eleaten ist er aber nach heutiger genereller Ansicht nicht direkt verbunden, auch nicht mit Parmenides (oder gar Zenon von Elea) – wie Friedrich Nietzsche bereits erkannt hatte: Anwesenheit am gleichen Ort genügt als Beleg nicht.
Xenophanes hat aus Fossilienfunden auf einem Berg unter anderem geschlossen, dass das Wasser einst die ganze Erde bedeckt haben muss (siehe Neptunismus). Er meinte, alles sei aus Wasser und Erde entstanden (Ur-Schlamm) und vergehe schließlich wieder zu Wasser. Die Erde würde vom Wasser weggeschwemmt und entstehe danach wieder neu.
Das Meer sei auch Quelle der Wolken, Sonne und Gestirne entstünden wiederum aus diesen Wolken. Der Regenbogen sei eine besonders geartete Wolke.
