Ich denke in der Diskussionen gehen zwei Sachen durcheinander:
Die meisten reden von ästhetischem Empfinden, dass wir natürlich auch für natürliche Dinge entwickeln können. Landschaften, Wolkenformationen, Gestirne, Tiere, Mineralien etc. empfinden wir oft als schön. Man kann auch mit einer gewissen Berechtigung sagen, dass in der bildgebenden Kunst alles Schöne natürlich ist oder zumindest aus dem Spiel mit der Natur (Raum, Licht & Schatten, Farben) entsteht. Musik ist da eine hoch interessante Ausnahme.
Ich denke die Eingangsfrage ging in Richtung des künstlerischen Schaffens vor dem Hintergrund des Naturalismus auch mit einer aufklärerischen Intention. Ich finde die Frage hochinteressant, aber schwer zu beantworten.
Zunächst einmal ist der Naturalismus natürlich keine Ideologie oder wenigstens eine schlagkräftige Truppe von Gleichgesinnten. D.h. hier können keine Künstler beauftragt werden Hochkunstwerke zur Beeinflussung von Massen zu erschaffen. Wahrscheinlich würden wir das auch gar nicht wollen (ich zumindest nicht).
Bleibt für mich also die Frage: Hat die Idee des Naturalismus einen Einfluss auf die Kunst bzw. auf einflussreiche Künstler gehabt, d.h. gibt es naturalistisch geprägte Kunstrichtungen oder Kunstwerke. Ich bin zwar kein besonders großer Kunstkenner, würde das aber auf jeden Fall bejahen. Impressionismus, abstrakte Malerei, Photographie (z.B.:
http://www.elliotterwitt.com/lang/index.html), moderne Musik sind doch häufig allzuoft gottlose Machwerke
In der Architektur gibt es z.B. bewusst nicht-religiöse "Kathedralen der Wissenschaft und Technik", wie z.B. den Eiffelturm. Auch in der Literatur und vor allem Philosophie gibt es natürlich hervorragende naturalistisch geprägte Werke (Nietzsche wurde schon genannt, Darwins "The voyage of the Beagle" ist für mich auch Kunst). Ich würde also schon sagen, dass es eine naturalistische geprägte Kunst gibt.
Bleibt die Frage: Beschäftigt sich der Naturalismus noch zuwenig mit Kunst & Ästhetik und da könnte IMHO was dran sein ...
PS: Es gibt natürlich auch sehr schöne moderne Kirchen:
http://www.sagradafamilia.cat/sf-eng/docs_instit/images.php